Lastetöö on üks vanemaid tööharusid EMK-s. Vaatamata sellele, et nõukogude ajal oli kirikutes igasugune tegevus lastega rangelt keelatud, tehti seda siiski mitteametlikult. Selleks kasutati koduseid sünnipäevapidusid, suvekodusid lastelaagrite korraldamiseks jms. Eesti taasiseseisvumise eel ja ajal lastetöö aktiviseerus, koguduste pühapäevakoolidesse tuli palju uusi lapsi.

Praegu toimub pühapäevakoo­l järgmistes kogudustes:

• Tallinnas – igal pühapäeval kell 10. Jumalateenistuselt minnakse pärast lastejutlust pühapäevakoolitundi.
• Võrus – iga kuu 1. ja 3. pühapäeval kell 11
• Tartus – pühapäeviti kell 11:00
• Reekülas – oktoobrist maini igal pühapäeval kell 11. Jumalateenistuselt minnakse pärast lastejutlust pühapäevakoolitundi.
• Rakveres – pühapäeviti kell 10:30
• Pärnus

Vene keeles:

• Tallinnas Narva mnt kirikus
• Tallinnas Uus Alguse kirikus
• Aseris – pühapäeviti kell 12:00
• Jõhvis
• Kohtla-Järvel – pühapäeviti kell 14:00
• Narvas – pühapäeviti kell 13:30
• Paldiskis – pühapäeviti kell 10:00

Lastetöö toimkond on korraldanud pühapäevakooli õpetajate koolitusi, üle-eestilisi lasteüritusi ning välja andnud pühapäevakoolitöö materjale. Materjalid on kättesaadavad siit (Lastetöö materjalid).