С эстоноязычной молодежью в методистской церкви работает молодежный комитет METONOORTE, с русскоязычной молодежью — некоммерческое объединение GENERATION2. Команда метоноров организует общеэстонские лагеря и молодежные вечера. Generation2 еженедельно проводит в Таллинне мероприятия для молодежи и подростков. Кроме того, они организуют общеэстонские лагеря, проекты и тренинги для молодежных лидеров.

В настоящее время регулярные молодежные мероприятия проходят в следующих общинах:

на эстонском языке:

• в Таллинне,
• в Курессааре,
• в Пярну,
• в Тарту,
• в Выру,
• в Раквере.

На русском языке:

• в Кохтла-Ярве,
• в Йыхви,
• в Нарве,
• в Таллиннской общине на Нарва мнт.,
• в Таллиннской общине «Новое Начало»,
• в Кунда.