Миссионерский комитет ЭМЦ был создан сразу же после восстановления независимости Эстонии. Мари Керде и Эвелина Сое активно занимались миссионерской деятельностью на протяжении многих лет, они трудились через организацию Youth With A Mission, находящейся в Норвегии. Периодически ездила в Керчь (Украина) в миссионерские поездки Юлия Калашникова и один раз её мама Ирина Калашникова. Миссионерский комитет, сов­местно со студентами Теологической Семинарии ЭМЦ, начал организовывать миссионерские поездки к народам финно-угорской группы. Там побывали Ардо Пярна, Йоэль Аулис, Кая Рютель, Людмила Волчихина, Марк Нельсон и Таави Холльман (Таллинн), Андрус Каск (Ряпина), Юлия Кравец (Йыхви), а также Сергей Жингель и Виталий Баранов (Кунда).

Членами миссионерского комитета с 2005 года являются: Каупо Кант (руководитель), Кая Рютель, Людмила Волчихина, Мари Керде, Марк Нельсон.

Зарубежная миссия (миссионерская деяте­ льность за пределами Эстонии, например среди народов финно-угорской группы) является приоритетом миссионерского комитета ЭМЦ; местная миссия (евангелизационная работа вне церкви) и обучение миссионерской еванге­лизационной работе (миссионерские дни, семи­нары по обучению, информирование церквейо миссионерской деятельности).

За последние годы большим мероприя­тием было организация летней конференциипод руководством ЭМЦ. В 2005 году те­мой этой конференции было «Иисус Хрис­тос – путь, истина и жизнь»; в 2006 год– «Будьте совершенны» и 2007 год – «Идите вперёд». Участвуют в проекте «Поделись Рождественской радостью», где, под руко­водством миссионерского комитета, упако­вываются рождественские подарки для детей народа Сету. На границе Эстонии с Россией, юго-западнее Псковского озера, располагается поселения народа Сету (эту местность они называют Сетомаа).

Совместно с Эстонским Евангельским Алья­нсом миссионерский комитет ЭМЦ участвуетв проекте «Время разных народов».

Миссионерский комитет относится к мис­сионерскому комитету Северо-Европейского и Балтийского региона ОМЦ.