Работа Воскресных Школ одно из самых давних областей деятельности ЭМЦ. Не смотря на то, что в Советское время в церкви было много различных служений, работа с детьми была строго запрещена, поэтому она проводилась неофициально. Использовались различные возможности: празднование дней рождений дома, проведение детских лагерей на дачах и т. д.

Учителями воскресной школы были храбрые члены церкви: женщины-матери и некоторые мужчины, которые рассказывали Библейские истории и разучивали песни с деть­ми. Друзья из Финляндии помогали в обучении учителей, тайно ввозя в Эстонию соответствующие учебные материалы, и организовывали обучение.

Во время восстановления независимости Эстонии детская работа активизировалась, в Воскресные Школы пришло много новых детей. Возникла необходимость в обучении учителей. Необходимые знания о детской работе можно приобрести на основном курсе Теоло­гической Семинарии ЭМЦ.

В 1993 году появилась возможность организовывать межцерковные летние детские мероприятия в лагере «Гедеон» ЭМЦ, также были образованы организационные комитеты, как для эстонского, так и для русского детского лагеря.

Неоднократно в Таллинне проходил межцерковный детский день «Радостное ралли» для эстонских детей.

За последние 6 лет, была возможность в Эстонии издавать учебные материалы Глобального служения ОМЦ для работы в Воскресной Школе. Для издания был создан комитет, в который входят Меели Танклер (переводчик и руководитель), Кюлли Куусе­маа, Пиибе Пиирма, Лий Лиллеоя, Сирли Лахи, Пилле Мягила и Урве Пярнаметс. Для правильного использования учебных материалов Воскресной Школы были организоы дни обучения для учителей.

Основная работа в Воскресных Школах проходит, как на эстонском, так и на русском языках.