Капеллан организует и координирует духо­в­ную работу в местах лишения свободы, соз­давая все необходимые условия для духовного служения заключённым. Помимо прове­дения богослужения, капеллан должен быть душепопечителем для заключённых и работ­ ников тюрьмы.

Основной деятельностью капелланов в армии является проведение богослужений, участие на церемониальных мероприятиях воинской части и проведение молитвенных собраний, участие в армейских учениях, про­ведение служений около памятников, консуль­тирование, проведение лекций об этике и морали, а иногда даже организация меро приятий и т. д.

Служение капеллана начало свою деятель­ ность после восстановления независимос­ти

Эстонской Республики 20 августа 1991 года. В 2007 году у представителей ЭМЦ, капел­ланы служат в 5 тюрьмах и в 2-ух воинских частях. Старшим капелланом в Тартуской тюрьме является Олави Илуметс, старший капеллан и заместитель генерального капел­лана Министерства Юстиции Игоря Миллера – Максим Ефимчук, одновременно являющийся членом правления Центра Социальной Реа­билитации (ЦСР), капеллан Таллиннской тюрьмы – Леа Траагель, капеллан Вируской тюрьмы – Андрей Спириденко, капеллан арестантского дома Ляяне полицейской префек­туры –Йоханнес Какко, старший капеллан центра подготовки в Тапа – Райво Никифоров и капеллан лётной базы в Эмари – младший лейтенант Яана Лаанесер.

У капеллана неограниченные права в по­сещении всех осуждённых, в том числе и пожизненно заключённых. Другими словами, тюремный капеллан является мостом между обществом и заключёнными. Тюремный ка­пеллан занимается ресоциализацией заклю­чённых, сотрудничая с различными реабили­ тационными центрами. Старший капеллан Олави Илуметс является председателем прав­ ления реабилитационного центра «Белая Эстония», а также находится в правлении центра социальной реабилитации в Таллинне, в котором обучаются группы поддержки из разных церквей.

Ординированный на должность старшего ЭМЦ и капитан оборонительных сил Райво Никифоров, не раз служил капелланом в зарубежной миссии, находясь в Косово, Ираке и Афганистане. Райво Никифоров многие годы трудился для того, чтобы в центре под­ готовки Эстонских оборонительных сил в Та­па, была построена часовня. Капеллан оборо­ нительных сил Яана Лаанесер в 2004–2005 году была в команде спасения в Тарту и с октября 2005 года занимается с военнослу­ жащими на лётной базе в Эмар.

Со 2 января 2007 года Йоханнес Какко является специалистом-капелланом в тюрь­ме Румму. В его обязанности входит духов­ное служение заключённым, а также душепо­- пе­чительство, консультирование, организа­ ция реабилитации и предотвращение крими­нала. Кроме этого, общение и духовное кон­сультирование с персоналом тюрьмы, а также, передача извещения о смерти в сопровожде­нии полицейских или лично. Служение полицейских капелланов в стадии форми­ро­ва­ния.